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    【DNA序列查询】NCBI——序列寻找之旅

    发布时间: 2021-08-21  点击次数: 729次

    Pubmed 也是科研人员常用工具之一,其实 NCBI 的功能不仅仅局限在查文献上,其他功能由于用的少,只给大家介绍下基因序列的查找,包括全基因组、CCDS、剪接体等等。

    ① 打开 NCBI 主页在下拉框里选择 Gene 选项,输入基因名称(p53)

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    ② 搜索结果会有种属的区别,要看清你要的种属(homo)

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    ③ 结果页的右侧是它包含的内容,可以直接选择你要的项,调到那个位置

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    ④ Genomic regeions,transcripts,and products 这个选项中,是以图的形式显示基因序列, 在 tool 中选择 sequence text view,可以弹出碱基序列

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    ⑤ 在碱基序列中,红色区域是外显子,绿色是内含子及基因间序列,鼠标在某个区域停留,就会显示该区的信息。红色框内可以自己试试功能,None 可以不显示蛋白序列,方便拷出序列。Flip strand、go to position 你们都懂得。


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    ⑥ 你如果觉得自己去把外显子拼起来得到CDNA序列的话,那你就out了,在NCBI Reference Sequences (RefSeq)这个选中,有 NG、NM、NP 这些你熟悉或者不熟悉的缩写,mRNA and protein(s)这里面,有剪接体的简介、剪接体之间的不同,有几个就会报道几个,很全。然后,重点是有个CCDS 这个链接,点进去

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    ⑦ 把网页往下翻,你就会看到 CCDS Sequence Data,不同的外显子用不同的颜色区别,点击碱基会用高亮颜色与下面的蛋白序列对应显示。如果需要设计过表达、QPCR 引物,预测蛋白大小,这些就足够了。

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    至于其他的选项的功能,小伙伴们自己去发掘吧,我也跟着学习。



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