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    NCBI 竟然能批量下载基因序列!

    发布时间: 2021-08-21  点击次数: 1517次

    第一步:整理排列好基因登入号,NCBI 检索 nucleotide

    第二步:调整展示界面 Display Settings

    第三步:选择文件发送内容 Send

    第四步:合适的打开方式 DNAstar 软件


    下面就给你们演示下:

    第一步:每个基因都有它的 Accession number(基因登入号,好比ID一样),这个你们已 经拿到手了吧,首先登入 NCBI 网站ncbi.nlm.nih.gov/,在 All Databases 处下拉, 选择 nucleotide,将基因的 Accession number 都排列在一起,用空格隔开,不要有回车符(怎么快速排列就不多说了,excel 就能实现),例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:

    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    填好后 Search,然后会出现这样一个界面:

    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    第二步:点击上面的 Display Settings 下拉标记,在 Format 选项中选择 FASTA,在 Sort by 选项中默认选择 Default order(界面展示顺序会和你输入的 Accession number 一致):

    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    点击 Apply,就会出现下一个界面:


    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    第三步:点击右上角的 Send 下拉标记,选中 Complete Record 和 File,然后在下面 Format 中选择 FASTA,Sort by 不变(默认),最后点击 Create File 保存数据:


    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    第四步:安装 DNAstar 软件(经常用的序列分析软件,和 Office 办公软件类似,有多款 用途的工具),打开其中的 Editseq 工具,将保存的文件 sequence .fasta 拖进来,这时会弹出 一个界面:


    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    点击 Just Open,就可以直接打开所有下载的基因序列;


    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    如果希望一个一个打开,则点击 OK 先保存基因序列(自动以基因的 Accession number 命名),再选择性打开。


    NCBI 竟然能批量下载基因序列!


    这样就大功告成啦。可是获得了这么多序列可以做什么呢,这个就看你的目的了,分析酶切位点、设计引物、比对序列、构建多表达克隆、设计敲减靶点等等都可以啊!


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