销售热线

19126518388
  • 技术文章ARTICLE

    您当前的位置:首页 > 技术文章 > 【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    发布时间: 2021-08-21  点击次数: 1867次

    说起 Pubmed 我们大家都不陌生,当然,找文献可都靠它呢。不过,这个美国国立医学图书馆的搜索引擎可不止能干这个。它只是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed 界面提供与综合分子生物学数据库的链接,其他的内容还包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据,3D 蛋白构象,人类孟德尔遗传在线等。这次我们要讲的就是怎么用里面的 NCBI 来查找所需要的基因信息。

    如何寻找基因信息 

    首先,打开 NCBI 网页ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,选择[gene],输入您要的基因名称(可简写),如 CCR9,搜索。


    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息


    然后,选择种属,如 homosapiens,点击进入所需基因,下拉网页,在"NCBI Reference sequence  (Refseq)"下方


    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息


    NG_029472.1就是该基因的 genomic DNA 序列号,NM_001256369.1 就是异构体B的 mRNA 序列号,而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相应的氨基酸序列号。同理, NM_031200.2 → NP_112477.1 分别是异构体A的mRNA和氨基酸序列号。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 号染色体短臂(p)2 带 1 区 3 亚区。

    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    点击进入相应页面就会出现详细的外显子、编码序列等信息。


    想要知道详细信息的话,可以点击 GenBank


    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    如果你只想获得序列(例如去设计 PCR 引物的时候),那就可以选择 FASTA,这样就得到了 FASTA 格式的序列文件,没有其他数字和格式的干扰。


    如何选择目前公认的 mRNA 序号 

    在这推荐一个网站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/


    【干货】如何寻找基因信息?用 Pubmed 来寻找基因信息

    输入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便会出现 CCR9 的相应界面,点进去就能显示公 认的序列号和 DNA 序列。 



    这样参照的序列号对了,设计引物、基因突变的命名及表述才是对的,发文章时才不会错。 (基因突变命名也是一个系统,可以到 NCBI 上下载相关文献)。另外,这一网站 DNA 序列 中也提供了目前文献报道的已知的突变位点和 SNP 位点。非常好用。


在线咨询
咨询热线

0759-5588931

[关闭]