如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

当我们将未知菌株送到公司测序时，并不意味着公司会直接告诉我们未知菌株是什么种什么属的，他们只会给你未知菌株的测序序列，这时候就需要我们自己在 NCBI 上进行同源性比对。

下面结合实验经历跟大家交流一下。 首先，我们先来弄清楚几个概念：

Query：数据库中的序列

alignments： 比对上的两个序列

hits：两个序列比对上的片段

Score：比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高

E Value：相对的一个统计值，值越小，越可信

Length：输入序列的长度

Identities：一致性，就是两个序列有多少是一样的

Accession：登录号

NCBI 网站：blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

操作步骤

1、打开上述网站，出现图 1 页面，

图1

点击，进入图 2 页面，

图2

2、在图 2 界面的

输入序列， 这里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA为例。

选中页面下的

然后点击 BLAST。出现图 3 和图 4 的页面（图 3 和 4 是同一页面的上下两部分）。

图3

图4

3、在图 3 页面上

表示你可以调整参数，重新比对或者保存搜索条件以便下次比对，调整报告显示的参数，以更符合你的要求、下载你比对的结果。

表示比对的标题，优先是 你填写的，如果没有填写可能是你输入 fasta 序列头（大于号后面的），如果这个也没有找到， NCBI 会自动生成一个。

表示你输入序列的信息，包括标识号、描述信息、类型、长度。

表示你可以查看其他报告，比如摘要、分类、距离树等。

4、在图 4 的页面上 Ident 越高，表明序列的同源性也就越高。通过同源性较高的描述你可以初步判断未知菌株的类别。点击同源性较高的，比如我们点开第一个，出现图 5 的页面，将滚动条向下拉至图 6，得到比对同源性高的序列，将其登录号以及序列保存在文本文档中， 通过系统发育树我们能具体判别未知菌株属于哪种菌株。

图5

图6