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    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    发布时间: 2021-08-23  点击次数: 1422次

    当我们将未知菌株送到公司测序时,并不意味着公司会直接告诉我们未知菌株是什么种什么属的,他们只会给你未知菌株的测序序列,这时候就需要我们自己在 NCBI 上进行同源性比对。

    下面结合实验经历跟大家交流一下。 首先,我们先来弄清楚几个概念:

    Query:数据库中的序列

    alignments: 比对上的两个序列

    hits:两个序列比对上的片段

    Score:比对得分,如果序列匹配上得分,不一样,减分,分值越高,两个序列相似性越高

    E Value:相对的一个统计值,值越小,越可信

    Length:输入序列的长度

    Identities:一致性,就是两个序列有多少是一样的

    Accession:登录号

    NCBI 网站:blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


    操作步骤

    1、打开上述网站,出现图 1 页面,

    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图1


    点击如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对,进入图 2 页面,

    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图2


    2、在图 2 界面的如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    输入序列, 这里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA为例。

    选中页面下的如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    然后点击 BLAST。出现图 3 和图 4 的页面(图 3 和 4 是同一页面的上下两部分)。


    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图3


    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图4


    3、在图 3 页面上如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    表示你可以调整参数,重新比对或者保存搜索条件以便下次比对,调整报告显示的参数,以更符合你的要求、下载你比对的结果。

    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对表示比对的标题,优先是 你填写的,如果没有填写可能是你输入 fasta 序列头(大于号后面的),如果这个也没有找到, NCBI 会自动生成一个。


    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对


    表示你输入序列的信息,包括标识号、描述信息、类型、长度。

    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    表示你可以查看其他报告,比如摘要、分类、距离树等。


    4、在图 4 的页面上 Ident 越高,表明序列的同源性也就越高。通过同源性较高的描述你可以初步判断未知菌株的类别。点击同源性较高的,比如我们点开第一个,出现图 5 的页面,将滚动条向下拉至图 6,得到比对同源性高的序列,将其登录号以及序列保存在文本文档中, 通过系统发育树我们能具体判别未知菌株属于哪种菌株。

    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图5


    如何在 NCBI 上进行菌种的同源性比对

    图6





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