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    基因研究做引物设计,一定要知道转录本能干什么!

    发布时间: 2021-08-30  点击次数: 2062次

    我们平常通过数据库查找某个基因的相关信息时,会发现该基因有多个转录本。为什么一个基因可以有多个转录本呢?转录本能干什么? 

    转录本其实就是基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的 mRNA。 

    一个基因有可能有多个转录本,原因是由于不同的剪接方式造成的。我们都知道,基因转录之后,首先是形成前体 mRNA,通过剪切内含子连接外显子,5’端加帽及 3’端加尾之后形成成熟的 mRNA。 但是在剪切的过程中可能会剪切掉外显子,也有可能保留部分内含子,这样就形成了多种 mRNA 即多个转录本。


    举个栗子:这是一个三个外显子两个内含子的基因结构图


    基因研究做引物设计,一定要知道转录本能干什么!

    该图通过不同的剪接方式得到了四种 mRNA 即四种转录本(我只是列出了部分可能性),实际中可能该基因只具有其中的一种或两种转录本,也有可能都具有。 


    我们需要特别注意的是大多数基因有多个转录本,而且有可能每个转录本都会编码产生相应的蛋白,这样就有可能造成一个基因有多种功能。 

    我们平常研究某个基因时(该基因有多个转录本),其实我们研究的是它的其中一个转录本所编码的蛋白的功能。虽然该基因有多个转录本,而且每个转录本都编码蛋白,但是一般情况下它的不同的转录本分布在不同类型的细胞中,当然也有可能多种转录本同时存在于某一细胞中。


    那我们研究该基因时应该怎么做呢? 

    首先,我们需要确定我们应该研究该基因的哪个转录本。 

    因为我们平常研究某个基因的功能的时候,是因为该基因在某一特定的组织和细胞中表达, 它在这些组织和细胞中具有特定的功能,所以我们只需要确定该基因的哪个转录本在这些组织和细胞中表达即可。 

    确定的方法当然就是设计每种转录本特异性引物,然后通过 RT-PCR 就可知道哪种转录本在组织和细胞中特异性表达。那这个转录本就是我们接下来要研究的。 



    之所以要确定我们应该研究哪个转录本,那是因为它关系到引物的设计以及蛋白分子量的计算。 

    当我们研究某个基因的功能时,通常会抽提总的 RNA,然后反转录得到 cDNA,然后将 cDNA 连接到表达载体中转化到原核或真核细胞中进行表达,然后进行接下来的研究。 

    通过反转录获得 cDNA 时,引物的设计就是根据转录本设计的。而且之后我们会将表达的蛋白跑电泳后进行分析,那蛋白的大小是如何计算的呢,当然也是通过该转录本编码的蛋白的 氨基酸序列计算的啊。

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