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    寻找转录因子与基因启动子的结合点

    发布时间: 2021-09-02  点击次数: 588次

    经过 EMSA、 DNase1 足迹实验、甲基化干扰实验、体内足迹实验、 Chip-on-chip 等方式,终于落实了转录因子跟基因的关系,继续探索转录因子跟该基因的启动子的结合位点在哪里? 

    第一步,要确定到启动子在哪?(怎么确定启动子? 一般查阅外文文献,老外把从转录起始位点开始上溯 2K-3K 的区间算做是启动子。) 

    第二步,就是要确定具体的结合位点序列?(启动子这么长,怎么知道具体的结合位点序列?)


    如何预测转录因子跟基因启动子结合位点在哪里?干货来了,看这里了(敲黑板!)


    1、以转录因子 Nf-KB 和 Ankh 基因为例,用 UCSC 在线网站锁定启动子范围,在左栏选择 Table  browes。

    2、在 clade 选择 Mammal,genome 选择 Human,assmebly 选择最新的数据库,gene 中输入 ANKH,在 track 中选择 RefSeq Genes,在 output format 中选择 sequence,点击 get output,根据需要选择序列,选择 genomic-submit。

    3、选择 Promoter/Upstream by 2000 bases,选 Exons in upper case, everything else in lower case (外显子大写,其他小写)。


    结果如下:大写字母是基因外显子区,大写字母前面的 2000 个小写字母就是预测的启动子区,复制粘贴保存到文本中。

    当我们确定启动子以后,接下来就是要确定具体的结合位点序列了,好紧张!


    打开 PROMO 数据库,业界良心!首页就来送助攻:查找转录因子结合位点操作步骤。

    1、如助攻提到的,先点击黄色左栏 SelectSpecies,选择物种, 点击 Submit。

    2、再点击黄色左栏 SelectFactors,选择转录因子, 点击 Submit。

    3、接着点击 SearchSites,将之前锁定的启动子区序列粘贴到特定位置,点击 Submit。

    4、目标出现!结果中的一个位点 TGGGAAATACCT 就是预测到的 nf-kb 结合在 Ankh 启动子的最佳位点。


    同一个基因的启动子都是可长可短的,只是不同长度可能启动子的活性不一样。真核生物一般都是认为在第一外显子上游的 2kb 以内(也有 2kb 以外的)。转录因子不同的预测方法(除了 PROMO,还可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等数据库)结果都不一样,最终只有实验验证的才准确。



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