qPCR实验结果分析基本步骤（二）

阈值，我们在操作软件时上下拉动的横线，是决定Ct值的因素之一。

阈值是荧光信号相对于基线有显著增强的点，大多数仪器会根据基线平均信号，自动计算荧光信号的阈值水平，并设置一个比平均值高10倍的阈值。

也就是说，当基线被正确的设置了，阈值也能手动调整成正确值。

需要注意的是：

1、读取阈值相关的分析数据时，不能随意改变阈值的设置。只有分析不同样本，或相同样本不同靶基因时，才能调整阈值。

2、设置阈值线时，要在扩增曲线的指数扩增区域内设置，不能在起始阶段，也不能在荧光背景（基线）区域。

3、每次改变阈值时，要查看标准曲线的斜率和R的平方有没有改善。没有使用标准曲线时，也可以计算3个复孔（相同条件扩增的样本）的标准偏差。好的阈值应该要改善Ct值的表现。