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    DNA 复制需要哪些元素

    发布时间: 2023-06-28  点击次数: 671次
    1) 需要脱氧核苷三磷酸:
    进行 DNA 合成必须具备的 2 个关键底物之一,即 4 种脱氧核苷三磷酸——dGTP、dCTP、dATP、dTTP。通常商品化 PCR 酶会提供这 4 种脱氧核苷三磷酸的混合物 dNTP。 
    2) 需要引物-模板接头:
    DNA 合成的第二个重要底物是一具有特定序列的双链 DNA,称为引物-模板接头,即指 导互补脱氧核苷酸添加的单链 DNA 模板和与模板互补但比模板短的一小段序列。
    较长的 DNA 链有一个与引物退火的区域和一个毗邻的单链 DNA 区,此区作为 DNA 合成的模板;较短的引物与较长的 DNA 链退火,且必须有与模板单链 DNA 区毗邻的游离 的 3’-OH,当新核苷酸加入时引物的 3’-OH 端得以延伸。一般而言,引物-模板接头的引物部分才是 DNA 合成的底物,而模板仅仅提供选择哪种核苷酸进行添加的必要信息。
    因此我们在设置 PCR 反应程序时第一步是高温变性(一般会设置成 95℃变性),就是为了把双链的模板变性成单链,第二步是降低温度,是为了让引物能互补匹配到单链模板上。

    3) 需要 DNA 聚合酶:
    DNA 聚合酶的三维结构类似于一只右手。手掌域是催化活性位点,可以催化任意 4 种脱氧核苷三磷酸的添加,这一区域结合 2 个二价金属离子(通常是 Mg2+或 Zn2+)。其中一个 金属离子降低 3’-OH 对其氢的亲和力,这会产生一个准备对引入 dNTP 上的 α-磷酸进行亲核 攻击的 3’O-。第二个金属离子与 dNTP 的 β-和 γ-磷酸负电荷协同作用,稳定由引物和引入核苷酸连接在一起时所产生的焦磷酸。所以我们在 PCR 时,反应体系里加入适量的 Mg2+是十分重要的,添加的量少导致 PCR 酶无法发挥最大活性,添加太多则降低酶反应的特异性。
     
    DNA 聚合酶是一种延伸酶,其催化是快速的。DNA 合成的速度主要取决于 DNA 聚合酶 的延伸能力。在实际应用中,一般的Taq酶的延伸速度大致是扩增产物在2kb以内是1kb/min。 扩增产物超过2kb 的部分可以以500bp/min 来计算。比如扩增2kb,延伸时间就设置成2min, 而扩增 3kb,就可以把延伸时间设置成 4min。也有延伸能力更强的酶,那么延伸时间就按产 品说明书描述的来设置。


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