质粒电泳3条带？5条带？一文告诉你原因

1.相信很多小伙伴将质粒电泳后发现，质粒不是单一条带，而是出现了很多条带，例如下图：

2.质粒为什么出现这样的情况？

一般理解来说，质粒DNA应如图2（左）所示的简单环状结构。然而，双链环状DNA的分子轴变形或双螺旋的扭曲，导致闭合环状DNA中每个螺旋转弯的实际碱基对数量发生变化，或者导致螺旋轴发生规则的空间变形，产生拓扑结构，形成质粒DNA的超螺旋性状（图2右）。

因此，不同的拓扑结构将使质粒DNA形成多种形式，包括共价封闭圆形（CCC）形式、开放圆形（OC）形式（也称为“缺口形式"）和线性形式（通常通过奇特的限制性消化获得）。在CCC形式中，两条DNA链是共价闭合的，DNA是超螺旋的。这种亚型的结构最紧密。如果DNA断裂产生缺口，就会产生OC，卷曲也就消失了。当两条线在同一位置断裂时，就会产生线性形式。此外，质粒可能以寡聚体形式出现，例如串联体，而串联体又可能以不同的异构体形式存在。所有这些形式都可以通过琼脂糖凝胶电泳观察到。但出现多少种条带会根据你的质粒提取技术、质粒的新鲜程度、电泳液的配置以及琼脂糖凝胶的配置等有所不同。

2.怎么区分质粒的电泳条带？

一般来说，质粒迁移速度由快到慢分别是共价封闭原形（超螺旋）形式、线性和开放圆环（开环）形式，并伴随着其他形式。原因是：电泳DNA迁移速率与分子大小和构象相关，分子构象越大，空间位阻阻力越大。超螺旋结构较为紧密，因此跑的快；开环质粒由于DNA断开，阻力增大，因此跑的最慢。

3.怎么验证质粒是否可用？

综上所述，质粒存在多少条带与多种因素相关，没有存在绝对的衡量标准。但如果用限制性内切酶消化质粒DNA，只会出现一条清晰的条带。并且，由于酶切形成线性化DNA片段，其电泳迁移速率会比对照组原始质粒的超螺旋结构速度慢，可以检验质粒是否被切开。

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